اعتقلت إسرائيل الشيخ ياسين عدة مرات، كان آخرها عام 1989 وحكم عليه بالسجن مدى الحياة و15 عاما، وخرج بصفقة التبادل التي أبرمت بين الأردن وإسرائيل عقب محاولة اغتيال مشعل عام 1997.
وحاولت إسرائيل اغتياله عدة مرات، وتمكنت من ذلك يوم 22 مارس/آذار 2004 حين كان عائدا من صلاة الفجر في المسجد القريب من منزله في حي صبرا في غزة.
فقد أطلقت مروحية أباتشي إسرائيلية صواريخ عليه وهو على كرسيه المتحرك، فاستشهد مع 7 من مرافقيه وجرح اثنان من أبنائه، وكان عمره حينها 68 عاما..